Olá Alex, tudo bem?
Sobre os funcionários, dá pra consultar no portal do eSocial se ainda existe algum vínculo ativo. Lá mesmo já consegue verificar se todos foram desligados corretamente ou se precisa providenciar alguma rescisão. Em relação às pendências de declarações e débitos, você pode acessar o e-CAC com certificado digital da empresa e consultar na aba "Situação Fiscal" e "Pendências de Declarações". Eu faria por partes: regularizaria uma obrigação, esperaria o sistema atualizar e depois seguiria para a próxima. Isso ajuda a não se perder e acompanhar melhor as multas e as baixas automáticas.
Sobre abrir uma nova empresa, ele até pode sim abrir uma LTDA, por exemplo, com outro CNPJ, e optar pelo Simples Nacional, desde que não tenha impedimentos como participação em outra empresa ou débitos em aberto que bloqueiem a opção. Mas é bom avaliar o histórico da empresa atual e pensar também se não seria melhor regularizar a que já existe, dependendo da situação.
Espero ter ajudado!