Olá Débora, tudo bem?
O valor a ser cobrado para parcelamento e baixa de um MEI desenquadrado depende muito do que precisará ser feito no caso específico.
De forma geral, pelo processo de desenquadramento, contadores costumam cobrar a partir de R$1.000, mas isso pode variar bastante. No caso de São Paulo, onde os procedimentos costumam ser mais complexos, apenas pela baixa e parcelamento, recomendaria algo em torno de R$1.500.
Se o MEI também foi excluído do Simples Nacional, haverá mais obrigações a entregar, principalmente se for comércio. Por isso, é importante primeiro avaliar tudo o que precisará ser feito para regularizar a empresa, além do pedido de parcelamento, antes de efetuar a baixa.
Se houver necessidade de entregar declarações, fazer apuração de impostos ou tratar de movimentação da empresa, você pode cobrar por cada mês retroativo o valor do seu honorário mensal, considerando o regime em que a empresa está (Simples Nacional ou Presumido).
Espero ter ajudado!