Olá Silvia
Sim, você pode ser sócia em uma LTDA e ter sua própria empresa. Só precisa estar atenta ao Faturamento se optar pelo Simples Nacional.
A restrição em CPF não impede a abertura de empresa, somente impede se essa pendência for no CPF, como a situação de CPF Suspenso, nesse caso, precisa regularizar. Mas se for pendências com terceiros, não terá problemas.
Espero ter ajudado.