Olá Aercio
Mesmo com processo digital, é necessário a assinatura eletrônica de ambos os sócioso que ficou e também o que saiu. A assinatura é uma garantia que o sócio que está saindo está de acordo com a alteração.
Esse serviço pode sim ser realizado avulso, após isso, você pode ou não ficar como contador responsável.
Caso queira se precaver, você pode redigir um contrato ou Recibo referente a esse serviço.
Espero ter ajudado.