Olá Nataly
Sim, pode. O fato de o seu registro principal estar no CRC de São Paulo não impede você de atuar e assinar por empresas de Alagoas. Porém, existe uma exigência importante do Sistema CFC/CRC.
Você precisa fazer a Comunicação do Exercício Profissional em Outra Jurisdição junto ao CRC-AL quando exercer atividade contábil em outro estado de forma contínua ou habitual.
Espero ter ajudado.