Olá Mariele, tudo bem?
Como você presta o serviço pra uma pessoa jurídica, a PJ que efetua o RPA ja descontando o INSS e no caso, a PJ faz seu pagamento e também do INSS sobre o serviço que você prestou.
Quanto a regularização, você pode entrar em contato com a prefeitura local para saber quais os procedimentos para se cadastrar como autônoma e a prefeitura já te informará quanto ao ISS e o alvará (que geralmente a prefeitura cobra).
Espero ter ajudado!