Olá Aladim, tudo bem?
Pode sim atuar dessa forma, sem inscrição municipal, desde que:
– Os RPA estejam sendo emitidos corretamente.
– O tomador esteja recolhendo ISS, INSS e IR conforme a legislação.
– Não haja norma específica no seu município exigindo inscrição para prestadores autônomos remotos (isso varia, então é bom confirmar com a prefeitura local).
Espero ter ajudado.