Olá Matheus, boa tarde.
Para recolhimento retroativo, recomendo entrar em contato com o INSS no telefone 135 para confirmar o período retroativo que é permitido e que seja válido para a base de contribuição dela, pois dependendo a quantidade de contribuições que ela tiver e se pagar competências retroativas o sistema pode entender como fraude e não computar para a base de cálculo.
A emissão das guias podem ser pelo SAL mesmo.
Espero ter ajudado.