Olá Fernanda, tudo bem?
A baixa do MEI não extingue os débitos. Como se trata de empresário individual, as dívidas podem ser cobradas do CPF do titular mesmo após a baixa do CNPJ.
Em relação à prescrição, o prazo para cobrança do crédito tributário é, em regra, de 5 anos, conforme o Código Tributário Nacional, podendo ser interrompido por atos de cobrança ou parcelamentos.
Quanto a abrir outro MEI, a existência de débitos do anterior não impede a abertura de um novo, desde que a pessoa atenda aos requisitos do regime. Porém, as dívidas do MEI baixado continuam vinculadas ao CPF até sua regularização.
Espero ter ajudado.