Olá Ana
O processo de abertura de empresa, inclui o Alvará de Funcionamento, e nesse caso vai precisar do Alvará Sanitário, serviços que está embutido no preço cobrado.
Em relação a máquina, sistema de Gestão e emissão de Notas Fiscais (cupons), certificado digital, é de responsabilidade do cliente, mas sabemos que muitos não tem esse conhecimento, por isso, muitas das vezes indicamos ou orientamos eles nesse processo.
Espero ter ajudado.