Olá Caio
Você pode atuar como Contador Autônomo, assinando balanços e DREs com seu CRC ativo.
Não existe lei que desobrigue o contador de emitir nota, mas se receber de pessoa física, pode ser feito por RPA (Recibo de Pagamento a Autônomo).
E é correto sugerir e orientar ao seu cliente a tirar Pro labore, pois a retirada é obrigatório para sócio que trabalha na empresa. Sem o pro labore não é permitido distribuir lucros.
Espero ter ajudado.