Olá Lilian, tudo bem?
Verifique se esses débitos já foram inscritos em Dívida Ativa. Se estiverem, o parcelamento deve ser feito pelo Regularize (PGFN), onde podem existir outras modalidades e condições mais favoráveis.
Se ainda não estiverem em Dívida Ativa, no parcelamento do MEI pelo e-CAC/Portal do Simples não é possível escolher o número de parcelas nem o valor, o sistema já define automaticamente.
Vale apenas conferir no e-CAC se aparece alguma outra modalidade de parcelamento disponível para o MEI, mas, em regra, esse parcelamento é padrão do sistema.
Espero ter ajudado.