Olá, Jéssica.
Que ótimo que conseguiu conquistar o seu Registro no Conselho.
A resposta é sim.
Se você abrir um CNPJ, deve registrar o CNPJ também no CRC, Logo, pagará duas anuidades. Uma da Pessoa Física e uma do Escritório.
Aqui em Minas, a anuidade do Escritório é a metade da anuidade da Pessoa Física. Acho que é assim pra todos os estados.
Espero ter ajudado