Olá Isabel
Depende.
Se você estiver executando atividades privativas de contador sem o registro ( ,como assinar balanços, elaborar demonstrações contábeis oficiais, representar o cliente junto à Receita Federal em atos privativos da profissão), tanto você quanto a empresa podem ser autuados.
Mas se você exercuta apenas atividade de apoio (lançamentos contábeis sob supervisão, organização de documentos, emissão de guias, atendimento administrativo), não tem problema. Se possível, formalizar internamente que a responsabilidade técnica é de outro contador registrado, para resguardar-se.
Espero ter ajudado.