Olá Viviane
Esse não é um serviço próprio de Contabilidade, mas pode ser considerado como um serviço do ramo de BPO Financeiro.
A forma de cobrança está correta, pelo volume de trabalho, cobrar por nota, mas acredito que esse valor está baixo, mas isso também depende da quantidade de Notas e Boletos do Mês.
Espero ter ajudado.