Olá Denise, tudo bem?
Primeiramente, é importante fazer um levantamento das pendências desse CNPJ. Para isso, acesse o e-CAC, consulte a situação fiscal e verifique se há declarações ou obrigações pendentes. A partir dessa análise, você poderá iniciar o processo de regularização.
Após resolver todas as pendências, será possível dar entrada no processo de baixa do CNPJ.
Para um passo a passo mais detalhado, recomendo que assista à aula no link abaixo:
https://www.youtube.com/watch?v=apQU5fuiJ2M
Espero ter ajudado!