Olá Nilber, tudo bem?
A ordem pode variar um pouco conforme a integração entre os módulos, mas, em regra, o ideal é:
1. Departamento Pessoal (folha, pró-labore, encargos e eSocial);
2. Fiscal (lançamento e conferência das notas fiscais, apuração dos tributos e geração das obrigações fiscais);
3. Contábil (importação dos lançamentos do fiscal e do pessoal, conciliações, provisões, fechamento e demonstrações contábeis).
Isso ocorre porque a contabilidade depende das informações do fiscal e do departamento pessoal para ficar completa. Após os fechamentos, são transmitidas as obrigações acessórias correspondentes.
No caso de empresas do Simples Nacional sem funcionários, o fluxo costuma ser mais simples, mas é importante não esquecer de eventuais pró-labores dos sócios, pois essas informações impactam tanto o departamento pessoal quanto a contabilidade. A lógica de fechamento é praticamente a mesma nos diversos sistemas, mudando apenas a forma operacional de cada programa.
Espero ter ajudado.