Procurei a prefeitura pra fazer o cadastro do cliente como autônomo, a prefeitura disse que tem que solicitar o cadastro através do Regin Rj. O procedimento seria este?

Olá Izabel, tudo bem?

Como este é um caso muito específico que pode variar de região para região, não temos aulas voltadas para este tema, então recomendo ligar novamente aos órgãos competentes para tentar mais informações sobre como proceder neste caso.

O link do site do Regin é este abaixo, veja se consegue te ajudar também:
https://www.jucerja.rj.gov.br/Servicos/Regin/ReginServicos

Espero ter ajudado!