Regularização autônomos

Bom dia! Estou com dúvidas ao auxiliar profissionais autônomos da área da saúde (psicólogos), que trabalham como pessoa física. Os clientes querem regularizar a situação e emitir as notas. Verifiquei a obrigatoriedade de emissão de recibo eletrônico de serviços de saúde, mas ainda não sei como fazer, pois ainda estou começando na área. A respeito das notas, elas são emitidas pelo portal da prefeitura da cidade, certo? Tenho que emitir de todos serviços prestados no mês ou apenas uma referente ao mês todo? Só após resolvidas tais questões que devo fazer o preenchimento do carnê leão?