Para regularizar a empresa e deixar o CNPJ dela apto novamente, será necessário resolver as pendências identificadas. Isso envolve o envio e apuração das DEFIS do Simples Nacional, além do envio das DASN SIMEI (provavelmente essa empresa também era MEI e por isso essa pendência nestes períodos). E também, você precisará apurar as PGDAS sinalizadas na relação de pendência.
Embora não tenhamos uma aula específica sobre a regularização, temos recursos que ensinam a realizar cada uma das declarações e nossos cursos de simples nacional e Mei que também detalham mais sobre... Abaixo, seguem os links que podem te auxiliar melhor:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/124912-curso-pratico-de-simples-nacional/2995552-defis
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/91999-curso-pratico-de-mei/2192324-declaracao-anual-de-faturamento
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/124912-curso-pratico-de-simples-nacional
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/91999-curso-pratico-de-mei
Sobre os débitos em atraso você pode pode realizar um parcelamento através do E-cac para o seu cliente se assim ele preferir ou você pode gerar as guias atualizadas para ele realizar o pagamentos desses impostos.
Espero ter ajudado!