Olá Nilber, tudo bem?
Quanto ao sistema, isso é muito relativo, pois o que funciona bem para uma pessoa pode não ser ideal para outra. O ideal é solicitar uma apresentação do sistema ou pesquisar no YouTube para ver qual atende melhor às suas necessidades.
Entre as versões gratuitas, o Makro é o mais completo (a versão dele no gratuita é a mesma coisa do pago, só muda o número de empresas que podem ser cadastradas, mas é a mesma coisa, então poderia iniciar no gratuito tranquilamente). Os outros costumam ter muitas limitações nas versões gratuitas. Em termos de custo-benefício, OneFlow e Makro são boas opções.
Sobre o INSS, como autônomo, se atender empresas (PJ), precisará emitir um RPA na folha de pagamento de cada cliente. O e-Social deve ser enviado e o próprio cliente faz o recolhimento do INSS, descontando esse valor dos seus honorários.
Se atender pessoas físicas (PF), deve preencher o Carnê Leão e gerar a guia do INSS pelo portal Meu INSS.
Espero ter ajudado!