Oi Júlio, tudo bem? Não sei se você conseguiu encontrar uma forma de fazer o procedimento, mas pode ser feito da seguinte forma.
1 - Inventário 100%: o cliente emite o relatório com todos os itens que possui no estoque (Nome do item, quantidade em estoque, valor unitário e valor total - se possuir, também os códigos de localização de onde se encontram no estoque). Nesse caso você terá precisamente a visibilidade de tudo aquilo que está no estoque, podendo fazer os ajustes necessários caso tenha algum furo de produtos com menor quantidade do que o registrado ou a maior.
Dependendo do tamanho do estoque que o seu cliente possuir, a contagem 100% não demore muito, mas também há inventários que duram entre um e dois dias, mas são casos em que estoques possui um volume grande de itens.
2 - Inventário por proporcionalidade: a partir do relatório de estoques emitido pelo cliente, você pode estipular um percentual do que você quer testar dentro do inventário. Em alguns casos pega-se entre 10 a 15 itens de maior relevância (R$) e outros 10 aleatórios (seguindo a mesma premissa de montante total do item específico em R$). Desses itens selecionados, busquem ele dentro do estoque e realizem a contagem.
Dos itens selecionados, caso algum deles tenha diferença na quantidade contada com o que está registrado no relatório dele, deve ser feito os ajustes somente dos itens testados.
Sempre lembrando que o que vem a valer após o inventário é o saldo contábil pós ajustes.
Os relatórios de estoque você pode pedir que sejam emitidos em Excel para poder fazer filtros e detalhar melhor as seleções e análises.
***durante o inventário não pode haver movimentação do estoque***
Pode haver o faturamento mas sem a movimentação de estoques.
3 - Inventário feito por empresa terceirizada: caso vocês avaliem que será um trabalho custoso e cansativo é aconselhavel procurar uma empresa que faça esse trabalho em específico. Empresas de auditoria/ consultoria fazem esse tipo de trabalho pois já ser comum dentre as auditorias de balanço.
Espero que isso possa ajudar. Abraços!