Olá Paula
A gratificação remuneratória é aquela que integrar o salário do empregado, como: Gratificação mensal - como parte fixa do salário); Gratificação por tempo de serviço; Gratificação de função (cargo de confiança, por exemplo)… E integra na base de cálculo para verbas trabalhistas e previdenciárias.
Já a gratificação indenizatória tem natureza compensatória, não integra o salário e também não gera reflexos nas verbas trabalhistas ou previdenciárias, como: Gratificações por metas extraordinárias ou campanhas sazonais, desde que não previsíveis nem recorrentes; Gratificações previstas em acordos de desligamento…
Resumindo… Se a gratificação for paga regularmente (mensal/trimestral/anual) é remuneratória. Se for eventual, sem obrigatoriedade, sem habitualidade e com objetivo de compensação pode ser indenizatória.
Espero ter ajudado.