Bom dia, Graziela,
Vamos esclarecer isso com calma.
O IBS (Imposto sobre Bens e Serviços) é um imposto único, mas com duas alíquotas que coexistem: uma de competência estadual e outra de competência municipal. Ou seja, quando uma prestação de serviço ocorre, sempre incidem as duas partes juntas — a parte do estado e a parte do município.
Isso é diferente do que acontece hoje com o ISS, que é um imposto exclusivamente municipal. Hoje, numa prestação de serviço entre municípios de estados diferentes, o recolhimento vai apenas para um município específico, sem qualquer participação do estado na arrecadação diretamente relacionada àquele tributo.
Com a Reforma Tributária, o raciocínio muda. O IBS vai incidir sempre com as duas partes, porque ele foi desenhado para substituir ao mesmo tempo o ICMS (estadual) e o ISS (municipal). A ideia foi criar um imposto só, mas que preserve as competências tanto do estado quanto do município. Por isso, tecnicamente, quando você vê "IBS", já está vendo os dois juntos: IBS estadual + IBS municipal.
E tem um ponto importante sobre o destino da arrecadação: diferente do sistema atual, em que o imposto vai para o estado ou município de origem do prestador, o IBS vai ser recolhido e distribuído para o estado e o município de destino do serviço, ou seja, onde o consumidor está localizado. Esse é um dos grandes giros da reforma.
Então, para responder diretamente à sua dúvida: sim, sempre incidem os dois, o IBS estadual e o IBS municipal. Não existe IBS só municipal. A alíquota que você aplica na nota fiscal já é a soma das duas partes, e o sistema de distribuição cuida de repassar cada fatia para o ente competente.