Olá Eduardo, boa noite.
Comprar o carro no CPF significa tratá-lo como um bem pessoal, sem envolvimento de amortização e sem tributação sobre ganho de capital na venda, exceto em casos específicos. Já no CNPJ, o carro é um ativo da empresa e sofre depreciação anual de 20%. Após 3 anos, o valor contábil será 32.000,00. Se o carro for vendido por 80.000,00, haverá um ganho de capital de 48.000,00, que será tributado conforme as regras do Simples Nacional.
Para uso pessoal, comprar no CPF é mais vantajoso, pois não há depreciação e a venda não gera ganho de capital tributável na maioria dos casos. Para uso empresarial, é necessário avaliar o impacto tributário ao longo do tempo e na venda do veículo.
Espero ter ajudado!