Olá Sandra, tudo bem?
A operação do seu cliente está incorreta da maneira como está sendo feita, mas você pode orientá-lo de agora em diante.
O correto é que as compras de peças sejam realizadas em nome do CNPJ da empresa, não no CPF do cliente. Além disso, ao vender uma peça, deve ser emitida uma nota fiscal de revenda de mercadoria, e para a prestação do serviço de montagem, deve ser emitida a nota fiscal correspondente ao serviço prestado.
Portanto, é necessário separar as operações:
Para a venda das peças: emitir nota fiscal de revenda.
Para a prestação de serviços: emitir nota fiscal de serviço.
Assim, a contabilidade ficará correta e dentro das exigências fiscais.
Espero ter ajudado!