Olá Francisca, tudo bem?
A contabilidade vai ser feita como se faz uma ME. Balanço, Balancete, DRE, como de qualquer outra empresa que não seja MEI.
Pode fazer a distribuição de lucros (é a maior vantagem que o MEI tem se optar pela contabilidade mensal, devido a isenção na declaração do IRPF)…
E você vai lançar todos pagamentos, recebimentos e após isso fazer as demonstrações citadas acima (balanço, balancete, DRE…).
Caso tenha empregado, também serão realizadas todas as obrigações trabalhistas e previdenciárias pertinentes a esse colaborador.
Para esclarecer melhor, recomendo que você assistia as aulas sinalizadas abaixo que deixarei o link:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121631-lives-regimes-de-tributacao/3492679-como-fazer-a-contabilidade-do-mei-na-pratica
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3230553-contabilidade-simples-nacional
E para te auxiliar na contabilidade, temos o nosso curso voltado para contabilidade de microentidades pode te ajudar muito nesse processo e também o curso de rotinas contábeis que é bem completo e ensina todo esse passo a passo.
Quanto ao prazo para registro na junta comercial, você pode verificar na junta comercial do seu estado em específico se há esse prazo limite.
E sim, caso você opte pelo envio da ECD, não precisará registrar o livro diário juntamente com as demonstrações contábeis na junta comercial.
Os contadores tem optado pelo envio da ECD pela questão da praticidade e custos. Visto, que o livro pode te gerar o custo pela impressão + a taxa de autenticação na junta comercial.
Lembre-se de que o MEI que realiza distribuição de lucros, também é indicado a entrega da EFD-Reinf e DIRF.
Na aula abaixo a professora explica mais detalhes a respeito da entrega da Reinf para os MEIs:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219027-efd-reinf
Sobre a DIRF, o MEI não é obrigado entregar em todos os casos. MEIs geralmente realizam retenção de imposto de renda na fonte de outras empresas ou pessoas físicas. Como o MEI não realiza esse tipo de retenção, ele não teria essa obrigação. Mas, cada caso é um caso é bom analisar cada empresa individualmente.
Espero ter ajudado!