Contabilização de despesas e impactos no caixa

Olá, temos um cliente o qual não realiza faturamento com nota fiscal, pois está pendente de resolver uma situação na Prefeitura, o qual o impede de realizar o cadastro e habilitar sua Inscrição Municipal para emitir as notas de prestação de serviços, o mesmo possui despesas, porém quando contabilizo essas despesas, por eu não ter este faturamento apurado pelo Departamento Fiscal, vai gerando a cada lançamento saldo negativo em caixa, porém sabemos que não existe saldo negativo, como posso proceder nesta situação?
O mesmo não envia extratos bancários, eu sei que as guias DARF e FGTS ele tem pago pois tem funcionário registrado, como proceder neste caso, pois só consigo ter a informação da saída e não da entrada de recursos.