Olá Fernanda, tudo bem?
Entendo que nesse caso, como são empresas distintas e não há relação de matriz e filial, precisará tratar essas transferências como empréstimos entre pessoas jurídicas.A movimentação de dinheiro entre elas precisa ser registrada formalmente, com lançamento contábil em contas de empréstimos concedidos e recebidos, e, preferencialmente, amparada por um contrato de mútuo.
Espero ter ajudado!