Olá Eduarda, tudo bem?
Para contabilizar essas despesas reembolsáveis, você pode fazer da seguinte forma… Com as notas fiscais em mãos, registre cada despesa de acordo com sua natureza: Combustível na conta de despesa com Combustível, Alimentação na conta de Alimentação e assim por diante, de acordo com o tipo de despesa.
Quando o reembolso for recebido da contratante, registre-o em uma conta de receita, chamada Recuperação de Despesas. Já que se trata apenas de um reembolso e não de uma nova receita.
Assim, você terá o controle das despesas pagas pela empresa e do reembolso recebido.
Espero ter ajudado!