Vai depender de qual conta foi mapeada.
Se for uma conta de ativo/passivo, ou até mesmo receita/despesa, mas sem movimento não vai impactar na ECF, agora se for uma conta que teve movimentação, é melhor verificar como o PVA da ECD montou o balanço e a DRE.
Você chegou a conferir o balanço e a DRE que o PVA estruturou? Está certo com o balanço e DRE do seu sistema?
Pois será esse balanço e DRE que PVA da ECF irá utilizar para calcular o IRPJ e a CSLL.