Olá Marcos, tudo bem?
Você irá lançar no estoque mesmo quando o frete for sobre compra.
Tem uma aula do professor Gabriel no curso de CFC, que ele cita esse exemplo:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/69626-cfc-de-a-a-z-turma-raiz/2220938-estoques-perdas-gastos-com-armazenagem-tratamento-do-frete
Seria a partir de 10min e 30seg de aula.
Espero ter ajudado!