Olá Bruna
Se ele tem a Empresa não tem o porquê ele trabalhar como autônomo. O recolhimento de seus recebimentos pode ser como Pró Labore e Distribuição de Lucros.
Só não entendi muito bem em relação ao SUS e Cooperativa, no caso ele presta serviço para um órgão público e também tem parceira com outros médicos além da empresa em seu nome?