Bom dia
Isso é muito comum principalmente com pequenas empresas, eu recomendo vc avalia o volume de notas, se for mto alto não compensa vc emitir pq vai consumir mto tempo.
Agr se for baixo vc tem a oportunidade de lucrar mais com esse cliente, se vai gastar no máximo uns 15 min na emissão, usa sistema gratuito(Sebrae ou se for serviço, prefeitura).
E vai poder fechar um serviço a parte a além dos honorários contábeis.