Olá Marcos, tudo bem?
Caso seu plano de contas ainda não tenha, você irá precisar criar um grupo de conta transitória de transferência entre matriz e filial.
Por exemplo:
Contas Transitórias de Transferência Matriz/Filial (Sintética e no grupo do ativo)
Conta transitória – Matriz/Filial (analítica)
A matriz transferindo para a filial seria:
D- conta transitória
C- estoque matriz
E filial recebendo da matriz seria:
D- estoque filial
C- conta transitória
De forma que ao gerar o balanço consolidado, o grupo das contas transitórias irá zerar.
Espero ter ajudado!