Bom dia, Matheus,
Boa pergunta, e uma situação bem comum na prática contábil. Vou responder por partes para ficar mais claro.
Sobre o lançamento no imobilizado
Sim, você pode — e diria que deve — lançar o veículo no imobilizado da empresa, e o princípio da essência sobre a forma é exatamente o fundamento correto para isso. O que determina o registro contábil é a realidade econômica do bem: o dinheiro saiu da conta PJ, o bem está sendo usado pela empresa e a intenção desde o início era que ele pertencesse à entidade.
A NBC TG 1000 e o próprio CPC 27 amparam esse tratamento. O ativo deve ser reconhecido por quem detém os riscos e benefícios do bem, não necessariamente por quem consta no documento fiscal.
Dito isso, é muito importante que a empresa tenha um documento interno que formalize essa situação — pode ser uma ata de reunião de sócios, uma declaração ou até um contrato simples reconhecendo que o veículo pertence à pessoa jurídica, mesmo que a nota tenha saído em nome do sócio. Isso protege a empresa em caso de questionamento.
Sobre a ECD e a ECF
O entrave não é automático, mas o risco existe. Na ECD, o lançamento do veículo no imobilizado vai aparecer normalmente, e o cruzamento com a nota fiscal pode chamar atenção caso haja alguma auditoria ou malha fina, já que o CNPJ da empresa não consta como destinatário na NF-e.
Na ECF, o bem vai compor o patrimônio líquido e a base de cálculo da depreciação, então é importante que a escrituração seja consistente e bem fundamentada.
O ponto mais sensível é que a Receita Federal, em uma eventual verificação, pode questionar se o veículo de fato pertence à empresa ou se houve uma distribuição disfarçada de lucros — ou seja, a empresa pagou um bem que ficou registrado no nome do sócio. Daí a importância daquele documento interno que mencionei.
Sobre os riscos fiscais
Os principais riscos são:
Para a empresa: questionamento da dedutibilidade da depreciação, caso a Receita entenda que o bem não é dela. No lucro presumido isso tem menos impacto direto no IRPJ/CSLL (já que a base é presumida), mas pode aparecer em fiscalização de IRPJ pelo livro caixa ou em outras análises.
Para o sócio: se o Fisco entender que a empresa pagou um bem que ficou no nome do sócio pessoa física, isso pode ser caracterizado como pro labore não declarado ou distribuição de lucros com natureza de remuneração, gerando IRPF a pagar pelo sócio.
Para o ICMS: como a empresa não tem inscrição estadual e atua com serviços de representação, esse ponto provavelmente não vai gerar complicação, mas vale confirmar se o Estado de origem não exige inscrição para esse tipo de aquisição.
O que eu recomendaria na prática
O ideal seria tentar corrigir o documento fiscal. Dependendo do vendedor e do prazo, é possível solicitar uma carta de correção ou, em alguns casos, a emissão de uma nova nota. Se o veículo ainda não foi transferido no DETRAN para o nome do sócio, vale avaliar se não é mais simples fazer a transferência diretamente para o CNPJ da empresa — isso resolveria o problema pela raiz.
Se nada disso for possível, o caminho é mesmo o lançamento fundamentado no imobilizado, com documentação de suporte robusta e consistência em toda a escrituração.