Olá Iago, tudo bem?
Geralmente ocorre esse erro quando há uma inconsistência entre os códigos de item utilizados nas notas fiscais de entrada e saída. Isso significa que está sendo utilizado um código de item nas saídas (vendas) que não foi previamente registrado nas entradas (compras).
Exemplo:
Entrada de nota fiscal com o item 001 CANETA e na nota de saída com o item 002 CANETA, com isso temos uma divergência no estoque onde deu entrada em um item e a saída em outro.
Neste caso, será necessário revisar os os códigos de itens utilizados nas notas fiscais de entrada e saída.
Alguns sistemas como o Alterdata, possuem ferramentas para tentar te ajudar nesse procedimento de correção do arquivo. Você pode verificar no sistema do seu cliente, se conseguem te auxiliar por exemplo a identificar onde estão as divergências.
Espero ter ajudado!