Olá, boa noite!
Inicialmente, vale lembrar que ele não está cumprindo com uma das obrigações, que seria a nota fiscal (que é obrigatória).
Porém, o fato de não emitir nota, não dispensa de recolher o imposto, e mesmo pagando o imposto, não livra ele de possíveis fiscalizações pela não emissão de notas.
Seria interessante alinhar essa questão de emitir notas fiscais corretamente. Quanto a apuração de fato, você pode utilizar o faturamento real que ele obteve. Seria melhor fazer isso, do que simplesmente deixar tudo zerado, só pelo fato de não ter nota.
Mas lembre-se, de não assumir uma responsabilidade que é do cliente. Afinal, uma hora pode dar problemas.
Espero ter ajudado.