Olá Lorrainy, parabéns pelo primeiro cliente!
Sobre a dúvida, se a empresa fabrica parte dos produtos, entendo também que deve emitir notas fiscais de saída também para esses produtos fabricados. Isso pode fazer a empresa passar a recolher pelo Anexo II do Simples Nacional, além do Anexo I (mas você precisará verificar os Cnaes da empresa para saber se tem o Cnae de indústria, além de comércio).
Quanto às obrigações acessórias:
Será necessário sim manter um controle de estoque rigoroso para comprovar a entrada da matéria-prima, a produção e a saída dos produtos. Esse controle deve ser fidedigno e pode ser exigido pela fiscalização, inclusive com autenticação, para garantir a segurança dos dados.
E além disso, as principais obrigações do Simples Nacional que devem ser cumpridas são:
Pagamento mensal do DAS com base no faturamento;
Envio mensal do e-Social para informações trabalhistas;
Envio mensal da DCTFWeb;
Verificar se há obrigação de enviar a EFD-Reinf, principalmente em caso de retenções na fonte;
Envio anual da DEFIS, que consolida informações do ano-calendário;
Manter escrituração contábil.
Recomendo que assista nosso curso de Simples Nacional para entender detalhadamente esses pontos e facilitar seu trabalho.
Espero ter ajudado!