Olá Carla, boa tarde.
No cálculo de DIFAL e Antecipação, a inclusão ou exclusão de valores como IPI e frete no valor base pode variar dependendo do estado e das regras definidas. Mas de modo geral, no DIFAL inclui os valores e na Antecipação, não; mas recomendo confirmar com a secretaria da fazenda do seu estado/estado do cliente.
Espero ter ajudado.