Olá Valderi
Se a empresa já está ativa no CNPJ, inscrita no município e prestando serviços, mas não está emitindo nota fiscal por falta de alvará, isso pode gerar possíveis penalidades da prefeitura, como:
Multas por falta de alvará
Multas por falta de emissão de NFS-e, pois a prestação de serviço sem emissão de nota é infração ao ISS.
Autuação por exercício irregular da atividade
Interdição da empresa, em casos mais extremos.
A maioria das prefeituras contém isso no seu Código Tributário Municipal ou Lei de Posturas.
Hoje, muitos municípios utilizam fiscalização eletrônica. Então funcionar sem emitir nota pode facilmente levantar alerta.
Espero ter ajudado.