Olá Jessica, bom dia.
Se o autônomo foi contratado por uma empresa, o INSS será sempre 11% pois se enquadra como contribuinte individual. Dependendo do valor da prestação de serviços terá o desconto de IR, segue a mesma tabela.
Sim, sempre deve perguntar sobre o ISS, pois a empresa é responsável pela retenção e repasse a prefeitura, o autônomo é responsável por manter seu cadastro atualizado em todos os órgãos.
Espero ter ajudado.