Bom dia!
Empresas do Simples podem se beneficiar de produtos ST e produtos com monofasia de Pis e Cofins.
Quanto a questão de sistema para emissão, é necessário contratar um sistema apropriado. Cada sistema vai ter as suas particularidades. Por isso, pode variar a parte de cadastros e emissão caso a caso.
No restante, segue a apuração normalmente como uma empresa do Simples.
Espero ter ajudado.