Depende do sistema fiscal que você está usando, mas em geral, existem duas formas de lidar com essa situação:
- A primeira forma é fazer um único cadastro para o produto, mas informar o CST correto na hora de emitir a nota fiscal, de acordo com a origem da mercadoria. Nesse caso, você pode usar um recurso chamado equivalência de CST, que permite alterar o CST do produto conforme o CFOP de entrada e o CST de origem da nota. Para isso, você precisa configurar as regras de equivalência no seu sistema fiscal, indicando qual CST de destino deve ser usado para cada combinação de CFOP de entrada e CST de origem.
- A segunda forma é fazer dois cadastros distintos para o produto, um para cada origem, e informar o CST fixo para cada um. Nesse caso, você não precisa usar a equivalência de CST, mas precisa ter cuidado para escolher o produto certo na hora de emitir a nota fiscal. Você pode usar uma referência diferente para cada produto, como você sugeriu, ou usar o mesmo código EAN, se o sistema permitir.
Espero ter ajudado