Boa tarde, Pablo!
O profissional Autônomo não está obrigado à emissão de Nota Fiscal não. Mas precisa cadastrar-se como Autônomo na Prefeitura do respectivo município para emitir, quando o cliente Pessoa Física solicitar. E nos casos de prestação de Serviços para Pessoa Jurídica o profissional Autônomo precisa emitir a NFSe e fazer as devidas retenções (INSS e IR). Vale lembrar que o IR tem uma faixa de isenção, enquanto o INSS não tem.
Não. Se houver emissão de Nota Fiscal e prestação de informações no Carnê Leão, o profissional não será tributado em duplicidade não.
Espero ter ajudado.