Olá Fabio, tudo bem?
Na apuração dos impostos, o que deve ser considerado é o valor das notas fiscais emitidas, pois é isso que representa a receita bruta da empresa.
A movimentação bancária não é usada como base de cálculo, mas é importante ficar atento, pois diferenças grandes entre o valor das notas e os depósitos na conta PJ podem chamar a atenção da Receita Federal.
Se houver valores entrando na conta que não correspondem a notas fiscais, é necessário ter a comprovação da origem para justificar em caso de fiscalização.
Portanto, o imposto é calculado sobre as notas fiscais, mas toda movimentação bancária deve ter respaldo documental para evitar problemas futuros.
Espero ter ajudado.