Olá Valderi
Quando a empresa compra alimentos que serão consumidos internamente, isso não deve gerar estoque, pois não haverá saída tributável na venda ao consumidor.
A ação correta ocorre já na entrada da nota de compra no ERP. É aqui que deve ser informado o CFOP adequado, de forma que o sistema não registre esse item como mercadoria destinada à venda. Se você esperar para ajustar isso na contabilidade depois, o estoque do ERP ficará inconsistente e isso gera o problema na EFD e no PGDAS.
Espero ter ajudado.