Boa tarde!
Essa situação vai depender da sistemática envolvida. Se fosse negociação entre vendedor e comprador por exemplo, e tiver um desconto, esse desconto precisa constar na nota, para que o valor líquido seja de fato aquilo que foi pago.
Quando você faz uma espécie de serviço que ganha comissão em cima, precisa analisar. Pode acontecer do comprador e vendedor negociarem. O vendedor paga o valor completo, mas você pega uma parte. Nesse caso, o comprador não tem a ver com o processo em si. Ou seja, ele vai receber a nota com valor completo, assim como vai pagar o valor completo. Como o seu contrato é com o vendedor, teoricamente precisaria receber dele essa comissão. Resumindo, seriam dois processos distintos, em dois momentos diferentes: Uma com a compra, e outra com a sua comissão.
Se for esse segundo caso, você precisaria emitir uma nota para esse cliente.
Mas reforço, é necessário entender a sistemática a fundo, para tomar a decisão correta.
Espero ter ajudado.