Olá Rogério
Abrir um MEI de transporte para fazer entregas na Shopee pode, sim, prejudicar a condição de segurado especial rural, mesmo que a pessoa mantenha um contrato rural em seu nome. Isso acontece porque o MEI caracteriza atividade urbana habitual, com CNPJ ativo e contribuição mensal obrigatória, o que pode levar o INSS a entender que a renda principal deixou de ser rural. Nesses casos, o vínculo como segurado especial pode ser descaracterizado, fazendo a pessoa perder o direito à aposentadoria rural, que é mais vantajosa por exigir menos contribuições. O problema não é o contrato rural existir, mas a habitualidade e a predominância da atividade urbana. Portanto, se a intenção é preservar o vínculo rural para fins de aposentadoria, abrir MEI de transporte é uma decisão de risco previdenciário e deve ser muito bem planejada antes.
Espero ter ajudado.