Boa tarde, Deilson
Boa pergunta, e é um ponto que gera muita dúvida na prática. A resposta direta é: não, a empresa do Lucro Real não pode se creditar de PIS/Cofins nesse caso.
Veja o motivo. As empresas optantes pelo Simples Nacional recolhem o PIS e a Cofins de forma unificada dentro do próprio Simples, com alíquotas bem menores do que as do regime não cumulativo. Por conta disso, a legislação veda expressamente o aproveitamento de créditos pelo comprador. Essa regra está no artigo 3° da Lei 10.637/2002 (PIS) e da Lei 10.833/2003 (Cofins), que determinam que não geram crédito as aquisições feitas de empresas optantes pelo Simples Nacional.
Então, mesmo que a nota fiscal venha com CST 49 (que indica "outras saídas" no regime de tributação monofásica ou situações específicas) ou que o documento simplesmente não destaque o PIS/Cofins, isso não muda a situação. O crédito não é vedado por falta de destaque na nota, mas sim pela condição do fornecedor de estar no Simples. A nota fiscal de uma empresa do Simples nunca vai gerar crédito de PIS/Cofins para o adquirente no Lucro Real, independente do CST utilizado.
Vale lembrar também que o CST 49 usado por empresas do Simples é justamente para indicar que a tributação delas ocorre de forma diferenciada, dentro do regime simplificado. O uso desse código não é um erro do fornecedor, é a forma correta de classificar a operação para eles.
Na prática, o que a empresa do Lucro Real precisa considerar é o seguinte: comprar de fornecedores do Simples Nacional tem um custo tributário indireto, porque ela perde o direito ao crédito de PIS/Cofins que teria se comprasse de um fornecedor do Lucro Presumido ou do Lucro Real. Isso costuma ser relevante na análise de precificação e na escolha de fornecedores.